自7月20日南京禄口机场检出阳性病例至今,除南京本地日增确诊病例是两位数外,传播链已经波及安徽、广东、四川、重庆、湖南、辽宁、北京等多个省市。7月30日上午,南京市新闻发布会就本轮疫情源头疾控中心通报称,目前已完成本土疫情相关的52个病例的病毒基因测序工作,均属于德尔塔毒株;病毒基因组序列高度同源,提示是同一个传播链。
据专家比对研究后发现德尔塔毒株感染者的呼吸道病毒载量是原始毒株感染者的1260倍,患者样本的核酸检测Ct值非常低(越低表示体内病毒载量越高)。这说明,德尔塔毒株的自我复制速度非常迅猛。此外,携带德尔塔毒株的人可能会更快地具有传染性。研究指出,早期原始毒株在人体内可被检测出来的时间为6天,而德尔塔毒株仅需4天就能被检测出。
德尔塔毒株感染者病毒载量高,应该更容易被检出,那么还会有漏检的风险吗?今天小编带您揭秘预扩增试剂面对高载量病毒时的漏检原理。
首先让我们了解一下什么是预扩增:预扩增是在逆转录之后,正式开始PCR循环之前,设置10个左右不采集荧光信号的循环。常规和预扩增PCR程序设置区别如下,见下图(预扩增的3和4是增加的步骤):
常规PCR新冠核酸检测试剂程序:
设置了预扩增的检测试剂程序:
设置预扩增是为了快速提高模板浓度,在后续带有荧光采集信号的循环阶段,因为有了前期的预扩增阶段对模板的充分扩增,就可以缩短信号采集的时间,将原本需要90-100分钟的扩增过程缩短至30-40分钟完成。
那超强变异株德尔塔毒株的核酸检测情况是什么样的?因德尔塔毒株病毒载量高,Ct值会更低,在15-20个Ct左右,甚至有样本Ct值在个位数的情况出现,检测曲线如下图所示,同时仪器判定为阳性。
那新冠核酸检测试剂如果设置了预扩增,检测曲线会发生什么变化?设置了预扩增的新冠核酸检测试剂扩增曲线(图例仅示意),前10个循环无荧光信号,从11个循环开始采集荧光。出现病毒载量超高的德尔塔变异株Ct值为个位数时,这10个循环在有预扩增的程序中,仪器将检测不到指数增长的起始荧光,最后判定为阴性。
为什么一个简单的预扩增设置会导致病毒载量较高的德尔塔毒株最后的检测结果变成假阴性?让我们从实时荧光定量PCR检测原理来看。实时荧光PCR的曲线分为基线期、指数增长期、线性增长期与平台期。(如下图)
线性图谱中的基线期,是通过PCR仪内部的计算,将原始信号中的噪音计算成荧光信号为“0”的直线,以基线为参照,后续的荧光信号才被计算机转化为S型曲线。
在普遍情况下,前十几个循环以内往往都是噪音,所以大多数PCR仪的自动基线范围会在3-15。
而设置了预扩增(例如10个),前10个循环无荧光信号,从11个循环开始采集荧光。那么,当遇到病毒载量非常高的样本,在普通荧光PCR反应中,可能在10个循环以内就已经开始出现指数增长期,而这10个循环在有预扩增的程序中,仪器将检测不到指数增长的起始荧光(指数增长期与阈值线的交点即为Ct值),从而丢失了确保S型扩增曲线完整的关键信号。
因此,带有预扩增的程序,在当前德尔塔变异株为主流型别的情况下,有非常大的漏检风险。而且,这样的漏检并非是我们常常关注的弱阳性样本,而是风险极大的强阳性样本,越强越容易漏检。
快检查一下,你的新冠核酸检测PCR程序,有没有删掉预扩增?
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